Основными органами контроля в сфере здравоохранения являются:

1. Территориальный орган Росздравнадзора по г. Санкт-Петербургу и Ленинградской области. В полномочия данного ведомства входят вопросы обращения медицинских изделий, государственный контроль качества и безопасности медицинской деятельности, соблюдение порядка проведения медицинских экспертиз, медицинских осмотров и медицинских освидетельствований, контроль качества лекарственных средств при гражданском обороте, мониторинг ассортимента и цен на жизненно необходимые лекарственные препараты. 

В рамках полномочий по лицензионному контролю - осуществление медицинской деятельностивсеми государственными учреждениями здравоохранения Санкт-Петербурга и медицинскими организациями частной формы собственности.

2. Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителя и благополучия человека по городу Санкт-Петербургу. Данный орган осуществляет контроль за соблюдением санитарного законодательства, правил предоставления медицинскими организациями платных медицинских услуг, осуществляет выдачу лицензий на деятельность, связанную с использованием возбудителей инфекционных заболеваний и в области использования источников ионизирующего излучения и др. 

3. ГУ «Территориальный фонд обязательного медицинского страхования Санкт-Петербурга» отвечает за соблюдение субъектами обязательного медицинского страхования законодательства об ОМС и за использованием ими средств  Фонда, ведет единый реестр страховых медицинских организаций, устанавливает формы отчетности, заявлений, реестров счетов, актов и др.

4. Страховые медицинские организации проводят проверки соблюдения прав граждан в сфере обязательного медицинского страхования, в том числе путем проведения контроля объемов, сроков, качества и условий предоставления медицинской помощи. Оказывают содействие застрахованным лицам в защите их прав, в том числе в судебном порядке.

5. Администрации 18 районов Санкт-Петербурга в отношении подведомственных учреждений здравоохранения, информация о которых размещена на сайтах администраций, проверяют соблюдение порядка записи на прием к врачу; порядка и стандартов оказания медицинской помощи, в том числе, этапов, условий и сроков ее оказания по соответствующему виду, профилю заболеваний; соблюдение руководителями и работниками медицинских учреждений ограничений, применяемых к ним при осуществлении профессиональной деятельности, в том числе предоставление при назначении курса лечения пациенту недостоверной и (или) неполной информации об используемых лекарственных препаратах, о медицинских изделиях, сокрытие сведений о наличии в обращении аналогичных лекарственных препаратов, медицинских изделий.

6. Комитет по здравоохранению Санкт-Петербурга вотношении подведомственных учреждений здравоохранения осуществляет соблюдение порядка и стандартов оказания медицинской помощи, организует обеспечение граждан лекарственными препаратами и специализированными продуктами лечебного питания.